柯南和小五郎等拉著大隊來到位於太平洋中的美麗小島“神海島”渡假這座島嶼自古已有流傳大概有關沉沒於海底的古代遺跡“海底宮殿”及300年前兩名女海盜遺留下來的寶藏傳說小蘭和園子不懼流傳在“海底宮殿”附近潛水時意外遇到一大群正在尋找寶物的獵人不料其中一人突然遭鯊魚攻擊不幸身亡小蘭和園子幸運逃難柯南見那位獵人死狀詭異與灰原一起展開調查　　柯南認為獵人之死跟寶藏傳說有著莫大關係他試圖解開背後原因“海底宮殿”的謎題一直係繞在他的腦海中他找到了一組神秘名詞“Jolly Roger(海盜旗)”後滿以為有所起色獵人卻突然現身並偷走了原來發現的寶藏小蘭和園子落在獵人的魔掌之中性命危在旦夕隱藏於傳說中的訊息是什麽“海底宮殿”有什麽秘密穿越300年時光的暗號柯南誓要逐步解開迷題