繼續延續上一季的劇情原來穆德受了騙及時發覺錯誤後和史考莉串通好來騙政府高層以潛入一個“作為一個普通FBI特別探員不該進入的地方”搜集需要的資料本季發展越來越精彩一些沒有被完全改造的混血外星人聯合起來抵抗殖民陰謀史考莉被綁架時子宮被移除但今年卻出現了她的孩子——艾蜜莉今年製作小組甚至找了兩位知名科幻小說家操筆客串寫出兩集劇本另外今年也有一集喜劇整出X檔案為了配合電影的上映加入了一些角色及內容“辛迪加”組織的陰謀越來越明顯穆德再一次接近事實的真相穆德前女友的出現也對穆德與史考莉間的關係做出重大考驗該季結束於吸煙人燒毀了所有X檔案卷宗